安全檢查科：國家關鍵基礎設施安全防護計畫擬訂及執行，大壩及附屬設施維護工程規劃、設計及監造，大壩及附屬設施安全監測與現地檢查，水工機械閘門與翡翠發電廠機電操作及維護工程規劃、設計及監造，大壩安全緊急措施計畫擬訂與執行，水資源環境教育計畫擬訂及執行，碳盤查及工程碳管理，其他相關大壩安全防護協調事項。

水庫操作科：水資源工程調查規劃、計畫擬訂及執行，水庫操作設施維護工程規劃、設計及監造，水庫操作供水及蓄洪防災，水庫水質監測及淤積觀測，資訊安全與資訊系統工程規劃、建置及維護，其他相關水庫操作協調事項。

經營管理科：水庫水土保持工程與庫區土木建築工程規劃、設計及監造，邊坡工程監測及維護，水庫環境監測，其他相關水庫經營管理協調事項。 

秘書室：文書、檔案、出納、總務、財產之管理與研考等業務及不屬於其他各單位事項。 

會計室：依法辦理歲計、會計及統計事項。 

人事室：依法辦理人事管理事項。 

政風室：依法辦理政風事項。

水庫操作及安全檢查中心：負責督導有關水庫操作及安全檢查事項，及於洪水期間與相關水庫及防汛機關之協調作業事項，其人員由本局員額中派充之。